El monitoreo y la evaluación son herramientas a través de las cuales se pueden conocer los cambios y dinámicas sociales y ambientales, como respuesta a las políticas, las acciones de manejo y al estado de los recursos naturales. De esta manera se pueden tomar decisiones, prevenir extinciones de especies, cambiar estrategias de manejo, desarrollar nuevos proyectos sociales, etc.

Para poder contar con datos confiables, el monitoreo debe realizarse siguiendo un mismo método, y de manera periódica. Desafortunadamente existen pocos esfuerzos de monitoreo en los proyectos de conservación, debido a la inestabilidad de las instituciones el costo que implica y el personal que se requiere.

El monitoreo biológico permite responder importantes preguntas de conservación como, los cambios en el tamaño de las poblaciones de las especies, su éxito reproductivo, su distribución, su tasa de crecimiento. A nivel regional el monitoreo permite identificar los cambios en la cobertura de los bosques, el crecimiento de las poblaciones humanas, el efecto de la infraestructura, como carreteras o el impacto de huracanes. Es a través de la medición periódica de estos elementos que pueden definirse índices como tasas de deforestación o tasas de aprovechamiento de especies silvestres.

En Pronatura Sur, A.C. el monitoreo es una herramienta que mediante la sistematización y análisis de información biológica, social y económica. Permite la identificación y priorización de sitios de conservación, definir estrategias de conservación y orientar políticas públicas.

Así entre las metas del programa de monitoreo se encuentra:

 1. Identificar sitios para conservación en base a información biológica y ecológica, como puede ser por la presencia de una alta biodiversidad, especies endémicas o en peligro de extinción.

2. Generar la información para incidir en la toma de decisiones que orienten la política ambiental en la región.

3. Difundir el conocimiento biológico, económico y social mediante la publicación científica, de divulgación, educación y actividades que involucren al público en general.

4.Formación de recursos humanos profesionales y comunitarios a través de la capacitación en técnicas de monitoreo y estudio de la biodiversidad

 Algunos de los procesos de monitoreo que se desarrollan actualmente son:

Monitoreo Biológico de Dendroica chrysoparia en las áreas de invierno de Chiapas y Centroamérica

Identificación de indicadores de biodiversidad en el manejo forestal

Monitoreo dentro de procesos de restauración de la vegetación en la Reserva El Ocote

Desarrollo de un sistema de monitoreo integral, un ejemplo de la Reserva de la Biósfera El Triunfo 

Monitoreo campesino, desarrollo de capacidades locales con organizaciones cafetaleras. 

Monitoreo participativo de poblaciones silvestres de palma camedor en la Sierra Madre de Chiapas.

Identificación de sitios de importancia para las aves acuáticas

Caracterización del uso de las Lagunas de Mar Muerto y las Lagunas Superior e Inferior de Oaxaca por aves playeras y acuáticas.